diff --git a/docs/howto/index/README.md b/docs/howto/index/README.md index 85bbaca6..746a1bb4 100644 --- a/docs/howto/index/README.md +++ b/docs/howto/index/README.md @@ -25,25 +25,26 @@ with recursive child (depth, id, parent,index_name) as ( child.depth + 1, index.id, index.parent, - index.index_name + index.index_name, + is_deleted from index, child where index.parent = child.id) select depth, id,index_name from child order by depth; ``` ``` - depth | id | index_name --------+---------------+------------ - 0 | 1733503900136 | LV1 - 1 | 1733503930431 | LV2 - 2 | 1733503950790 | LV3 + depth | id | index_name | is_deleted +-------+---------------+------------+------------ + 0 | 1733503900136 | LV1 | f + 1 | 1733503930431 | LV2 | f + 2 | 1733503950790 | LV3 | f (3 rows) ``` 1733503900136 とその子インデックスを削除する。 ``` -DELETE FROM index WHERE id IN ( +UPDATE index SET is_deleted = 't' WHERE id IN ( with recursive child (depth, id, parent,index_name) as ( select 0, index.id, index.parent,index.index_name from index where index.id = '1733503900136' union all diff --git a/docs/howto/postgresql/README.md b/docs/howto/postgresql/README.md new file mode 100644 index 00000000..20fe6c4f --- /dev/null +++ b/docs/howto/postgresql/README.md @@ -0,0 +1,28 @@ + + +# ERROR: database "wekotest" is being accessed by other users + +``` +invenio=# drop database wekotest; +ERROR: database "wekotest" is being accessed by other users +DETAIL: There are 10 other sessions using the database. +``` + +``` +invenio=# SELECT + pg_terminate_backend(pg_stat_activity.pid) +FROM + pg_stat_activity +WHERE + pg_stat_activity.datname = 'wekotest' +AND pid <> pg_backend_pid(); + pg_terminate_backend +---------------------- +(0 rows) +``` + +``` +invenio=# drop database wekotest; +DROP DATABASE +invenio=# +``` diff --git a/docs/howto/rocrate/README.md b/docs/howto/rocrate/README.md new file mode 100644 index 00000000..4c982c29 --- /dev/null +++ b/docs/howto/rocrate/README.md @@ -0,0 +1,257 @@ +# + +## install + +``` +git clone https://github.com/crs4/rocrate-validator.git +cd rocrate-validator +poetry install +``` + +## validate + +``` +{ + "@context": [ + "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + { + "name_en": "http://schema.org/name" + }, + { + "name_ja": "http://schema.org/name" + } + ], + "@graph": [ + { + "@type": "CreativeWork", + "@id": "ro-crate-metadata.json", + "conformsTo": { + "@id": "https://w3id.org/ro/crate/1.1" + }, + "about": { + "@id": "./" + } + }, + { + "@id": "./", + "identifier": "https://doi.org/10.4225/59/59672c09f4a4b", + "@type": "Dataset", + "datePublished": "2017", + "name": "Data files associated with the manuscript:Effects of facilitated family case conferencing for ...", + "description": "Palliative care planning for nursing home residents with advanced dementia ...", + "license": { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/" + } + }, + { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "@type": "CreativeWork", + "description": "This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia License. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/ or send a letter to Creative Commons, PO Box 1866, Mountain View, CA 94042, USA.", + "identifier": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "name": "Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia (CC BY-NC-SA 3.0 AU)" + } + ] +} +``` + +``` +$ poetry run rocrate-validator validate -p ro-crate-1.1 -v --no-paging -f json ../rocrate/example3 +``` + +``` +$ poetry run rocrate-validator validate -p ro-crate-1.1 -v --no-paging -f json ../rocrate/example3 +{ + "meta": { + "version": "0.1" + }, + "validation_settings": { + "profile_identifier": "ro-crate-1.1", + "enable_profile_inheritance": true, + "abort_on_first": false, + "requirement_severity": "REQUIRED", + "rocrate_validator_version": "0.5.0_fa8c6c7+401-dirty" + }, + "passed": true, + "issues": [] +} +``` + +## + +``` +{ + "@context": [ + "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + { + "name": {"@id": "name","@container": "@language"} + } + ], + "@graph": [ + { + "@type": "CreativeWork", + "@id": "ro-crate-metadata.json", + "conformsTo": { + "@id": "https://w3id.org/ro/crate/1.1" + }, + "about": { + "@id": "./" + } + }, + { + "@id": "./", + "identifier": "https://doi.org/10.4225/59/59672c09f4a4b", + "@type": "Dataset", + "datePublished": "2017", + "name": { + "ja":"名前", + "en":"Name" + }, + "description": "Palliative care planning for nursing home residents with advanced dementia ...", + "license": { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/" + } + }, + { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "@type": "CreativeWork", + "description": "This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia License. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/ or send a letter to Creative Commons, PO Box 1866, Mountain View, CA 94042, USA.", + "identifier": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "name": "Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia (CC BY-NC-SA 3.0 AU)" + } + ] +} +``` + +``` +$ poetry run rocrate-validator validate -p ro-crate-1.1 -v --no-paging -f json ../rocrate/example3 +{ + "meta": { + "version": "0.1" + }, + "validation_settings": { + "profile_identifier": "ro-crate-1.1", + "enable_profile_inheritance": true, + "abort_on_first": false, + "requirement_severity": "REQUIRED", + "rocrate_validator_version": "0.5.0_fa8c6c7+401-dirty" + }, + "passed": false, + "issues": [ + { + "severity": "REQUIRED", + "message": "RO-Crate file descriptor \"ro-crate-metadata.json\" is not fully flattened at entity \"./\"", + "violatingEntity": null, + "violatingProperty": null, + "violatingPropertyValue": null, + "check": { + "identifier": "ro-crate-1.1_2.2", + "label": "REQUIRED 2.2", + "order": 2, + "name": "File Descriptor JSON-LD must be flattened", + "description": "Check if the file descriptor is flattened", + "severity": "REQUIRED", + "requirement": { + "identifier": "ro-crate-1.1_2", + "name": "File Descriptor JSON-LD format", + "description": "The file descriptor MUST be a valid JSON-LD file", + "order": 2, + "profile": { + "identifier": "ro-crate-1.1", + "uri": "https://w3id.org/ro/crate/1.1", + "name": "RO-Crate Metadata Specification 1.1", + "description": "RO-Crate Metadata Specification." + } + } + } + }, + { + "severity": "REQUIRED", + "message": "The Root Data Entity MUST have a `name` property (as specified by schema.org)", + "violatingEntity": "./", + "violatingProperty": "http://schema.org/name", + "violatingPropertyValue": null, + "check": { + "identifier": "ro-crate-1.1_8.1", + "label": "MUST 8.1", + "order": 1, + "name": "Root Data Entity: `name` property", + "description": "Check if the Root Data Entity includes a `name` (as specified by schema.org) \n to clearly identify the dataset and distinguish it from other datasets.", + "severity": "REQUIRED", + "requirement": { + "identifier": "ro-crate-1.1_8", + "name": "RO-Crate Root Data Entity REQUIRED properties", + "description": "The Root Data Entity MUST have a `name`, `description`, `license` and `datePublished`", + "order": 8, + "profile": { + "identifier": "ro-crate-1.1", + "uri": "https://w3id.org/ro/crate/1.1", + "name": "RO-Crate Metadata Specification 1.1", + "description": "RO-Crate Metadata Specification." + } + } + } + } + ] +} +``` + +## + +``` +{ + "@context": [ + "https://w3id.org/ro/crate/1.1/context", + {"name_ja":{"@id": "name","@language":"ja"}}, + {"name_en":{"@id": "name","@language":"en"}} + ], + "@graph": [ + { + "@type": "CreativeWork", + "@id": "ro-crate-metadata.json", + "conformsTo": { + "@id": "https://w3id.org/ro/crate/1.1" + }, + "about": { + "@id": "./" + } + }, + { + "@id": "./", + "identifier": "https://doi.org/10.4225/59/59672c09f4a4b", + "@type": "Dataset", + "datePublished": "2017", + "name_ja":"名前", + "name_en":"Name", + "description": "Palliative care planning for nursing home residents with advanced dementia ...", + "license": { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/" + } + }, + { + "@id": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "@type": "CreativeWork", + "description": "This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia License. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/ or send a letter to Creative Commons, PO Box 1866, Mountain View, CA 94042, USA.", + "identifier": "https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/au/", + "name": "Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Australia (CC BY-NC-SA 3.0 AU)" + } + ] +} +``` + +``` +$ poetry run rocrate-validator validate -p ro-crate-1.1 -v --no-paging -f json ../rocrate/example3 +{ + "meta": { + "version": "0.1" + }, + "validation_settings": { + "profile_identifier": "ro-crate-1.1", + "enable_profile_inheritance": true, + "abort_on_first": false, + "requirement_severity": "REQUIRED", + "rocrate_validator_version": "0.5.0_fa8c6c7+401-dirty" + }, + "passed": true, + "issues": [] +} +``` \ No newline at end of file diff --git a/docs/manuals/ADMIN/base/README.md b/docs/manuals/ADMIN/base/README.md index 20024d46..507a2cc6 100644 --- a/docs/manuals/ADMIN/base/README.md +++ b/docs/manuals/ADMIN/base/README.md @@ -2,7 +2,7 @@ （コミュニティ管理者、リポジトリ管理者、およびシステム管理者） -v1.0.7b +v1.0.10 ## はじめに @@ -6462,6 +6462,10 @@ TSV形式でダウンロードすることができる定型レポートを次 フローへのアクションの追加、アクションの順序を変更する方法を説明します。 +【注意事項】 + +フローへのアクションの追加・削除、アクションの順序変更などは対象フローを使用しているアクティビティにも影響があるため、変更の際は気をつけてください。 + 1. フロー名をクリックします。 フローの編集画面が表示されます。 @@ -6633,6 +6637,14 @@ zu1101090.tif![コンピューターのスクリーンショット 自動的に ![グラフィカル ユーザー インターフェイス, テキスト, アプリケーション, メール 自動的に生成された説明](media/media/image259.png) +【注意事項】 + + 1. フローの変更が可能ですが、 + + 1.1. 個別登録履歴があるアイテム（中止ではない）：アイテム個別編集の際に登録時点でのフローで開くこと + + 1.2. 個別登録履歴がないアイテム（一括登録など）：アイテム個別編集の際に変更後のフローで開くこと + 149. ［保存］をクリックします。 ワークフローが保存されます。正常に保存できた場合、メッセージ「Workflow created successfully.」が表示されます。 diff --git a/docs/manuals/USER/base/README.md b/docs/manuals/USER/base/README.md index e3aa6bfa..9a273531 100644 --- a/docs/manuals/USER/base/README.md +++ b/docs/manuals/USER/base/README.md @@ -2,7 +2,7 @@ 一般閲覧者・登録ユーザ・管理者 -v1.0.7b +v1.0.10 ## はじめに diff --git a/docs/manuals_en/ADMIN/admin_manual.md b/docs/manuals_en/ADMIN/admin_manual.md index ee0315ab..d5c75208 100644 --- a/docs/manuals_en/ADMIN/admin_manual.md +++ b/docs/manuals_en/ADMIN/admin_manual.md @@ -11224,6 +11224,10 @@ You can then add actions to the flow. See "ANCHORID=editflow【参照元】Secti This section explains how to add actions to the flow and change the order of actions. +Notes: + +Adding or removing actions to the flow, changing the order of actions, etc., will also affect the activities using the target flow, so please be careful when making changes. + 1. Click the flow name you want to edit. A screen appears where you can edit the flow. @@ -11330,6 +11334,14 @@ zu1101400.tif![](media/media/image255.png) ![](media/media/image256.png) +Notes: + + 1. Changes to the flow are possible, but + + 1.1. For items with individual registration history (not canceled): open with the flow at the time of registration when editing the item individually. + + 1.2. For items without individual registration history (bulk registration, etc.): open with the modified flow when editing the item individually. + 3. Click "Save". The workflow is saved. If it is saved successfully, the message "Workflow created successfully" appears. diff --git a/docs/operation/letsencrypt.md b/docs/operation/letsencrypt.md new file mode 100644 index 00000000..0c30ac46 --- /dev/null +++ b/docs/operation/letsencrypt.md @@ -0,0 +1,51 @@ +# Let's Encrypt + +## multi domain 証明書 + +### 更新 + +``` +docker-compose run --rm certbot certonly --webroot -w /var/www/html -d -d --email --agree-tos -n --expand +``` + +``` +$ docker-compose run --rm certbot certonly --webroot -w /var/www/html -d -d --email --agree-tos -n --expand +WARNING: The ELASTICSEARCH_S3_ACCESS_KEY variable is not set. Defaulting to a blank string. +WARNING: The ELASTICSEARCH_S3_SECRET_KEY variable is not set. Defaulting to a blank string. +WARNING: The ELASTICSEARCH_S3_ENDPOINT variable is not set. Defaulting to a blank string. +WARNING: The ELASTICSEARCH_S3_BUCKET variable is not set. Defaulting to a blank string. +Creating weko_certbot_run ... done +Saving debug log to /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log +Plugins selected: Authenticator webroot, Installer None +Cert is due for renewal, auto-renewing... +Renewing an existing certificate for and +Performing the following challenges: +http-01 challenge for +http-01 challenge for +Using the webroot path /var/www/html for all unmatched domains. +Waiting for verification... +Cleaning up challenges + +IMPORTANT NOTES: + - Congratulations! Your certificate and chain have been saved at: + /etc/letsencrypt/live//fullchain.pem + Your key file has been saved at: + /etc/letsencrypt/live//privkey.pem + Your certificate will expire on 2025-05-12. To obtain a new or + tweaked version of this certificate in the future, simply run + certbot again. To non-interactively renew *all* of your + certificates, run "certbot renew" + - If you like Certbot, please consider supporting our work by: + + Donating to ISRG / Let's Encrypt: https://letsencrypt.org/donate + Donating to EFF: https://eff.org/donate-le +``` + +``` +docker-compose restart nginx +``` + +``` +$ docker-compose restart nginx +Restarting weko_nginx_1 ... done +``` \ No newline at end of file diff --git a/docs/spec/base/README.md b/docs/spec/base/README.md index 3d2638e1..edcf2d30 100644 --- a/docs/spec/base/README.md +++ b/docs/spec/base/README.md @@ -1,3 +1,3 @@ # WEKO3機能仕様書 -v.1.0.7b \ No newline at end of file +v.1.0.10 \ No newline at end of file diff --git a/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_1.md b/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_1.md index 3834e4ea..5a1efbca 100644 --- a/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_1.md +++ b/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_1.md @@ -190,6 +190,10 @@ - フローの編集画面で、\[戻る（Back）\]ボタンを押すと、フロー一覧画面に移動する。 + - 【注意事項】 + + - フローへのアクションの追加・削除、アクションの順序変更などは対象フローを使用しているアクティビティにも影響があるため、変更の際は気をつけてください。 + - システム管理者でない（リポジトリ管理者）の場合、利用申請に関するフロー（利用申請フラグがONのワークフローと紐づいているフロー）は閲覧・保存・削除ができず、権限エラーとなる。 diff --git a/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_2.md b/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_2.md index 5cfd7374..d008758a 100644 --- a/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_2.md +++ b/docs/spec/base/admin/ADMIN_7_2.md @@ -141,6 +141,14 @@ - ワークフローの編集画面で、\[戻る（Back）\]ボタンを押すと、ワークフロー一覧画面に移動する。 + - 【注意事項】 + + - フローの変更が可能ですが、 + + - 個別登録履歴があるアイテム（中止ではない）：アイテム個別編集の際に登録時点でのフローで開くこと + + - 個別登録履歴がないアイテム（一括登録など）：アイテム個別編集の際に変更後のフローで開くこと + - システム管理者でない（リポジトリ管理者）の場合、利用申請に関するワークフローは閲覧・編集ができない。また利用申請に関するワークフローを追加できない。（利用申請フラグが非表示であり、登録時に利用申請フラグがFalseとして登録される）。利用申請フラグの編集はシステム管理者のみ可能。 - 戻るボタンをクリックすると、一つ前のアクションに戻ることが可能(v1.0.7追加)。 diff --git a/docs/spec/base/admin/ADMIN_9_3.md b/docs/spec/base/admin/ADMIN_9_3.md index 40d467f7..891248f0 100644 --- a/docs/spec/base/admin/ADMIN_9_3.md +++ b/docs/spec/base/admin/ADMIN_9_3.md @@ -58,7 +58,7 @@ - Description：セットの説明を入れる - - Search Pattern + - Search Pattern: 検索パターン - 「保存（Save）」ボタンを押すと、設定されたセット内容をセット一覧に追加させ、メッセージをセット一覧に表示させる メッセージ：「レコードが正常に作成されました。（Record was successfully saved）」 diff --git a/docs/spec/base/user/USER_3_1.md b/docs/spec/base/user/USER_3_1.md index 0941faf5..39844d49 100644 --- a/docs/spec/base/user/USER_3_1.md +++ b/docs/spec/base/user/USER_3_1.md @@ -167,6 +167,48 @@ - 最新バージョンの\[Delete this version\]ボタンが押下された場合は、最新バージョンを論理削除し、ひとつ前のバージョンを最新バージョンに変更する。その後、バージョン更新を行うと、論理削除された次バージョンとして作成する（論理削除されたバージョンは欠番となる）。 + - 以下はバージョン削除の流れ： + + 1. 該当のバージョン削除を削除する + + 1. records_metadata にある資料の publish_status が -1（削除）に設定する + + 2. ESにある資料の publish_status 情報を更新する + + 3. 関するフィードバックメール情報を削除する + + 4. 該当のPIDの状態は DELETED に変更する + + 5. 関するバケットを削除する + + 2. （i）でバージョンを論理削除した後、現時点最新のバージョンを取得する + + 3. 削除されたバージョンは最新のバージョンでしたら、（ii）で取得したバージョンの資料はベースとして、 + + 1. 親PIDのmetadata情報を更新する（インデックス情報を更新しない） + + 2. 親PIDのフィードバックメール情報を更新する + + 3. 親PIDの状態は公開に変更する（DBとES） + + 4. 親PIDのアイテムリンクを更新する + + 5. （ii）で取得したバージョンのインデックス情報を更新する（親PIDがペースとして） + + 4. 編集用のPIDが使っていない場合、（ii）で取得したバージョンの資料はベースとして、 + + 1. 編集用PIDのmetadata情報を更新する（インデックス情報を更新しない） + + 2. 編集用PIDのフィードバックメール情報を更新する + + 3. 編集用PIDの状態は公開に変更する（DBとES） + + 4. 編集用PIDのアイテムリンクを更新する + + 5. 削除されたバージョンのアイテムリンクを削除する + + - 親PID：バージョンが付いていないPID、編集用PID：「.0」ついているPID + - アイテムにDOIが付与されている場合、アイテムの削除を認めない。 　日本語：アイテムにDOIが付与されているため、アイテムを削除することはできません。 　英語：The item cannot be deleted because it has a DOI. diff --git a/docs/spec/base/user/USER_3_3.md b/docs/spec/base/user/USER_3_3.md index f7090913..d2cf30e0 100644 --- a/docs/spec/base/user/USER_3_3.md +++ b/docs/spec/base/user/USER_3_3.md @@ -109,6 +109,48 @@ - 最新バージョン削除時は旧バージョンもすべて論理削除されること + - 以下はバージョン削除の流れ： + + 1. 該当のバージョン削除を削除する + + 1. records_metadata にある資料の publish_status が -1（削除）に設定する + + 2. ESにある資料の publish_status 情報を更新する + + 3. 関するフィードバックメール情報を削除する + + 4. 該当のPIDの状態は DELETED に変更する + + 5. 関するバケットを削除する + + 2. （i）でバージョンを論理削除した後、現時点最新のバージョンを取得する + + 3. 削除されたバージョンは最新のバージョンでしたら、（ii）で取得したバージョンの資料はベースとして、 + + 1. 親PIDのmetadata情報を更新する（インデックス情報を更新しない） + + 2. 親PIDのフィードバックメール情報を更新する + + 3. 親PIDの状態は公開に変更する（DBとES） + + 4. 親PIDのアイテムリンクを更新する + + 5. （ii）で取得したバージョンのインデックス情報を更新する（親PIDがペースとして） + + 4. 編集用のPIDが使っていない場合、（ii）で取得したバージョンの資料はベースとして、 + + 1. 編集用PIDのmetadata情報を更新する（インデックス情報を更新しない） + + 2. 編集用PIDのフィードバックメール情報を更新する + + 3. 編集用PIDの状態は公開に変更する（DBとES） + + 4. 編集用PIDのアイテムリンクを更新する + + 5. 削除されたバージョンのアイテムリンクを削除する + + - 親PID：バージョンが付いていないPID、編集用PID：「.0」ついているPID + 3\. アイテムバージョンの表示/非表示を設定できる 【Administration \> アイテムタイプ管理 (Item Types) \>メタデータ (Meta)画面】から、アイテムタイプのバージョンの表示／非表示を設定できる diff --git a/docs/spec/base/user/USER_3_7.md b/docs/spec/base/user/USER_3_7.md index 3bb8f1fc..b0576184 100644 --- a/docs/spec/base/user/USER_3_7.md +++ b/docs/spec/base/user/USER_3_7.md @@ -379,8 +379,8 @@ - Description: 概要 - - Search Pattern: 検索パターン ※パスの区切りは/(スラッシュ) - 例 path:"1628576973067/1628576975817" + - Search Pattern: 検索パターン + 例 path:"1628576975817" 6\. 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